Основан в 1846 году на базе медресе, основанного по приказу султана Мехмеда Завоевателя после взятия Константинополя в 1453 году. До XX века являлся высшей мусульманской школой, после провозглашения Турецкой Республики (1923) был реорганизован в 1927 и 1933 годах и стал светским образовательным учреждением.
Единственным университетом Турции, вошедший в список лучших 500 университетов в мире в 2011 году, был Стамбульский Университет.C 2006 года, Стамбульский университет входит в список 500 лучших университетов мира. Университет по списку в Азиатско-Тихоокеанском регионе входит в число 100 лучших университетов.
Данный университет входит в Европейскую университетскую ассоциацию (EUA), а также в Coimbra Group. Осуществляется обмен студентами и преподавателями через такие программы, как Farabi, Erasmus, Mevlana. Процесс обучения происходит в соответствии с Болонской системой.
Выпускникам Стамбульского университета выдается особое приложение к диплому (DS).